Der Verein durchlebte seither eine bewegte Zeit und machte Hochs und Tiefs mit. Was mit einer einzigen Mannschaft begann, erlebte in den 90er Jahren seinen bisherigen Höhepunkt mit 20 Mannschaften. Die 1. Mannschaft spielte mehrheitlich in der 3. Liga, hatte aber auch schlechtere Zeiten, als es nur zur 4. Liga „reichte“.

Sportlicher Höhepunkt der Vereinsgeschichte war der 30. September 1990, als der FC Zürich als Nationalliga A-Vertreter in der 1. Hauptrunde des Schweizer Cups auf der Hüttenwis in Fehraltorf antrat (0:7). Mit 2′000 Zuschauern wurde der bisherige Zuschauerrekord aufgestellt.

Die Saison 1990/91 brachte unter Trainer Hans Franz mit dem Aufstieg in die 2. Liga den bisher grössten Erfolg. Während fünf Saisons konnte sich der FC Fehraltorf mit beachtlichem Erfolg in der 2. Liga halten.

Stolz ist der FC Fehraltorf auf seine Infrastruktur. Obwohl die Sportanlagen leider an verschiedenen Orten in der Gemeinde verteilt sind, können die Verhältnisse als gut bezeichnet werden: 2 grosse Rasenspielfelder (eines davon beleuchtet),  2 kleine Rasenspielfelder (7er-Fussball), 1 Sandplatz (100x64 Meter, beleuchtet), 1 Rasentrainingsfeld (beleuchtet), 2 Kleinfeld-Kunststoffplätze (beleuchtet), 1 Dreifach-Sporthalle.

Das Klubhaus Hüttenwis als Mittelpunkt unserer Anlagen ist in Vereinsbesitz und wird vom Verein selbst verwaltet.

Eine Chronik des Vereins, 2005 erstellt zum 75-Jahr-Jubiläum,  können Sie per mail an info@fcfehraltorf.ch bestellen.